Trước đây, xã Gia Xuyên vốn thuộc huyện Gia Lộc, tỉnh Hải Dương.

Ngày 16 tháng 10 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 788/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã thuộc tỉnh Hải Dương (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 12 năm 2019)[1]. Theo đó, chuyển toàn bộ diện tích và dân số của xã Gia Xuyên về thành phố Hải Dương quản lý.